biosim4生物進(jìn)化模擬器

這堆代碼用來(lái)模擬通過(guò)自然選擇進(jìn)化的生物，不過(guò)要注意，這個(gè)模擬器缺乏友好的界面，因此編譯和執(zhí)行程序可能需要格外注意細(xì)節(jié)。

代碼塊

• src 目錄中的代碼可以被編譯成一個(gè)名為 biosim4 的控制臺(tái)程序。默認(rèn)情況下調(diào)用時(shí)，它將從名為 biosim4.ini 的配置文件中讀取參數(shù)（可以在命令行上指定其他配置文件），模擬器會(huì)在生物居住的地方配置一個(gè) 2D 競(jìng)技場(chǎng)。
• 類(lèi) Grid (參見(jiàn) Grid .h 和 Grid .cpp )包含一個(gè) 16 位索引的 2D 數(shù)組，每個(gè)非零索引指向類(lèi) Peeps 中的特定個(gè)體(參見(jiàn)下文)。網(wǎng)格中的零值表示空位置，類(lèi) Grid 不包含東西，它只存儲(chǔ)表示誰(shuí)住在哪里的索引。
• 生物的數(shù)量存儲(chǔ)在類(lèi) Peeps 中(參見(jiàn) Peeps .h 和 Peeps .cpp )。類(lèi) Peeps 包含模擬中的所有個(gè)體，存儲(chǔ)在 std::vector 容器中，作為 struct Indiv 的實(shí)例，類(lèi) Grid 中的索引是對(duì)類(lèi) Peeps 中的個(gè)體向量的索引。Peeps類(lèi)保留了一個(gè)struct Indiv的容器，但除此之外，它對(duì)個(gè)體的內(nèi)部工作一無(wú)所知。
• 每個(gè)個(gè)體都由 struct Indiv 的一個(gè)實(shí)例表示(參見(jiàn) Indiv .h 和 Indiv .cpp )。Struct Indiv 包含一個(gè)個(gè)體的基因組，對(duì)應(yīng)的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)大腦，以及在二維網(wǎng)格中個(gè)體 X、Y 位置的冗余副本。它還包含一些個(gè)人的其他參數(shù)，如“響應(yīng)性”水平、振蕩周期、年齡和其他個(gè)人參數(shù)。
• Struct Indiv 知道如何在模擬開(kāi)始時(shí)將一個(gè)人的基因組轉(zhuǎn)換成其神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)大腦。它還知道如何在模擬過(guò)程中以文本格式將基因組和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)大腦打印到標(biāo)準(zhǔn)輸出。它還有一個(gè)函數(shù) Indiv::getSensor() ，用于計(jì)算每個(gè)模擬器步驟的單個(gè)輸入神經(jīng)元。
• 所有模擬器代碼都位于 BS 命名空間中(“biosim”的縮寫(xiě))。

配置文件

• 默認(rèn)情況下，名為 biosim4.ini 的配置文件包含模擬運(yùn)行的所有可調(diào)參數(shù)。biosim4 可執(zhí)行文件在啟動(dòng)時(shí)讀取配置文件，然后在模擬期間監(jiān)視它的變化，在模擬運(yùn)行期間可以修改許多參數(shù)。
• 類(lèi)ParamManager(參見(jiàn) params.h 和 params.cpp) 管理配置參數(shù)，并通過(guò) ParamManager::getParamRef()? 提供的只讀指針，讓這些參數(shù)對(duì)模擬器可用。
• 有關(guān)每個(gè)參數(shù)的文檔，請(qǐng)參閱所提供的 biosim4.ini 文件。

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