斯坦福大學(xué)研究人員建立了一個(gè)名為Tabula Muris的開源數(shù)據(jù)庫(kù)

據(jù)悉，斯坦福大學(xué)等研究機(jī)構(gòu)的研究人員建立了一個(gè)名為Tabula Muris的開源數(shù)據(jù)庫(kù)，收錄了小鼠的多個(gè)細(xì)胞類型及其基因表達(dá)數(shù)據(jù)。這項(xiàng)成果于上周發(fā)表在《Nature》雜志上。

研究者利用熒光活化細(xì)胞分選（FACS）方法和微流體液滴捕獲方法，從小鼠20個(gè)不同器官中分離出超過(guò)10萬(wàn)個(gè)細(xì)胞，并開展單細(xì)胞RNA測(cè)序。這些數(shù)據(jù)讓人們能夠比較各個(gè)細(xì)胞類型和組織間的基因表達(dá)，從而更深入地了解細(xì)胞多樣性。

團(tuán)隊(duì)成員以三只雌性小鼠和四只雄性小鼠為研究對(duì)象，利用FACS方法分離出44,949個(gè)細(xì)胞，并利用微流體方法分離出55,656個(gè)細(xì)胞。為了確定細(xì)胞類型，研究人員獨(dú)立分析每個(gè)器官，并使用聚類分析。

研究人員挑選出各個(gè)器官（包括腦、心臟、胰腺和胸腺等）的細(xì)胞，然后開展單細(xì)胞RNA測(cè)序，以獲取每個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組。研究人員指出，F(xiàn)ACS方法和微流體方法在大量基因表達(dá)譜上基本一致。

之后，研究人員又利用t-SNE算法來(lái)觀察各種器官的不同細(xì)胞類型之間的關(guān)系。他們發(fā)現(xiàn)，不同器官的細(xì)胞常?；煸谝黄?。他們還對(duì)每個(gè)組進(jìn)行異質(zhì)性評(píng)分，以評(píng)估它們是否由相關(guān)或不相關(guān)的細(xì)胞類型組成。

研究人員進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)，轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)可以大致定義細(xì)胞類型。在用1,016個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的平均表達(dá)來(lái)分類細(xì)胞時(shí)，他們發(fā)現(xiàn)此時(shí)產(chǎn)生的樹狀圖與利用所有基因產(chǎn)生的樹狀圖大體相似。當(dāng)他們用細(xì)胞表面標(biāo)志物或RNA剪接因子來(lái)重復(fù)此分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)情況并非如此，表明轉(zhuǎn)錄因子能夠更好地確定細(xì)胞類型。

研究人員認(rèn)為，這種細(xì)胞圖譜有助于細(xì)胞重編程。此外，小鼠的轉(zhuǎn)錄組圖譜也有助于發(fā)現(xiàn)新的細(xì)胞類型，揭開不同細(xì)胞類型的基因表達(dá)，并比較各個(gè)器官的細(xì)胞。