VR結(jié)合醫(yī)學(xué)早已不是什么新鮮事。從VR心臟模型、VR醫(yī)療平臺(tái)到模擬手術(shù)機(jī)器人,VR已經(jīng)為醫(yī)學(xué)領(lǐng)域帶來了眾多便利。而最近,科學(xué)家們更是利用VR觀察分子結(jié)構(gòu),以研發(fā)各種藥物。
而藥物研發(fā)公司C4XDiscovery(C4XD)開發(fā)了一款VR工具——4Sight,能幫助化學(xué)家將復(fù)雜分子的結(jié)構(gòu)可視化,即在VR中把微觀結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)在眼前,用以研發(fā)與癌癥、慢性成癮等疾病相關(guān)的新藥。
VR使藥物“看得見、摸得著”
在虛擬世界中,科學(xué)家能夠近距離地親眼觀察他們?cè)O(shè)計(jì)的藥物結(jié)構(gòu),而且可以用手觸碰懸浮在他們面前的虛擬分子,跟分子結(jié)構(gòu)親密“互動(dòng)”,以查看更多細(xì)節(jié)。
C4XD的生物化學(xué)家正在利用VR技術(shù),研發(fā)治療呼吸系統(tǒng)疾病以及帕金森等相關(guān)疾病的藥物。
通過使用公司的專有數(shù)據(jù)庫(kù),C4XD與制藥企業(yè)Invidior合作研發(fā)一款成癮治療藥物。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)非常詳盡,記錄了每種藥物分子的詳細(xì)信息,如分子的不同形態(tài)。
C4XD的藥物化學(xué)家Thorsten Nowak表示:“使用4Sight觀察分子結(jié)構(gòu)具有突破性意義。分子成了我眼前世界的一部分,我能在空中操縱它們,就像比較兩個(gè)橘子和兩個(gè)蘋果,這種感覺太奇妙了”。
這個(gè)VR平臺(tái)使藥物發(fā)現(xiàn)“看得見、摸得著”。
Nowak說,化學(xué)家往往需要去觀察所研究的事物,但由于人類視野的界限性,其想象力也受到了限制,因?yàn)樗麄儾荒軐⒎肿右苑浅>?xì)的程度呈現(xiàn)在眼前。
過去,化學(xué)家們會(huì)使用塑料的“球棍”模型來代表藥物,但這些模型都是靜態(tài)的?,F(xiàn)在,依靠VR技術(shù),他們能看到動(dòng)態(tài)的分子呈現(xiàn)在眼前,以及分子結(jié)構(gòu)的變化情況。
“看電視的時(shí)候,你能看見所有的畫面,但卻永遠(yuǎn)不可能身處其中,”Nowak說,“而VR使分子結(jié)構(gòu)逼真的呈現(xiàn)在眼前,仿佛它們是你身邊的物體一樣?!?/p>
C4XD的生物醫(yī)學(xué)團(tuán)隊(duì)正在深入研究VR技術(shù)。通過VR,科學(xué)家們能獲得關(guān)于分子的更多信息。因此,他們開始嘗試在VR中建模,以便可以看到分子的結(jié)構(gòu),且精度超過二維模型。C4XD希望借此研發(fā)出更好的藥物。
分子與受體蛋白質(zhì)如同“鎖”和“鑰匙”
分子的結(jié)構(gòu)一直在變。在藥物研發(fā)的過程中,化學(xué)家們尋找的是擁有“合適結(jié)構(gòu)”的分子,即擁有合適的分子形態(tài)、包含與治療疾病相關(guān)的物質(zhì)。這意味著它不僅更有可能與所涉及的蛋白質(zhì)(比如管理食欲的食欲素受體)相結(jié)合,而且副作用最少。
雖然分子的結(jié)構(gòu)一直在變,但有些分子比其他分子在更多的時(shí)候擁有更適合與其他分子結(jié)合的形態(tài),而化學(xué)家們要找的就是這樣的分子。
C4XD首席科學(xué)官克Craig Fox用“鎖和鑰匙”來比喻這種情況:“你的體內(nèi)有一把鎖,也就是被藥物瞄準(zhǔn)的蛋白質(zhì),即靶向蛋白質(zhì)。而藥物,也就是所謂的‘鑰匙’?!?/p>
化學(xué)家試圖找到最好的鑰匙,與那種蛋白質(zhì)相結(jié)合。于是,這需要其弄清楚那種蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu),看看“已知的鑰匙”是否能夠成功地與之結(jié)合,并產(chǎn)生療效。然后,通過無數(shù)次的嘗試,尋找到合適的藥物。
VR使藥物研發(fā)過程變得更為有趣
通過分析眾多分子模型,化學(xué)家可以設(shè)想在一個(gè)理想的世界中,什么樣的分子能成為最好的“鑰匙”,更有效地治療疾病,副作用更少。就食欲素而言,我們希望找到一種能節(jié)制食欲但不會(huì)導(dǎo)致失眠的藥物。
這是個(gè)試錯(cuò)的過程(從早期的迭代到最終的藥物實(shí)驗(yàn)),以尋找最適合的分子。
C4XD表示:通過他們的VR工具,再結(jié)合其采集的關(guān)于每種分子及其結(jié)構(gòu)的詳細(xì)信息,可以縮小他們?cè)谒幬锇l(fā)現(xiàn)過程中的誤差范圍,也就是在藥物進(jìn)行人體試驗(yàn)之前的實(shí)驗(yàn)階段盡可能地減少誤差。
4Sight首席開發(fā)人員Philip Muwanga曾在Ninjar Studios和Pixelbomb Games做過游戲設(shè)計(jì),后來轉(zhuǎn)行化學(xué)研究領(lǐng)域。
為選中的分子建好模型后,科學(xué)家可以操控與藥物分子相結(jié)合的分子受體。在VR中,受體以圓球形式排列,而藥物分子的結(jié)構(gòu)呈細(xì)長(zhǎng)形態(tài)?;瘜W(xué)家可以放大受體,把分子映射到受體的結(jié)構(gòu)上進(jìn)行比較,以找到合適的分子。
另外,4Sight開發(fā)團(tuán)隊(duì)正在努力使藥物研究的過程不再索然無味,比如,為分子建模過程添加聲效(比如泡泡音和咔嗒聲)以讓分子變得更為‘生動(dòng)可愛’。
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原文標(biāo)題:行業(yè)+ || VR&化學(xué):化學(xué)家用VR可視化藥物分子結(jié)構(gòu)幫助新藥研發(fā)
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