為核心時(shí)代重塑核心基因組學(xué)軟件工具

概述了與英特爾工程師多年合作以改進(jìn)Bowtie和Bowtie 2（以及另一個(gè)稱為HISAT的相關(guān)工具）以有效利用現(xiàn)代Intel CPU上的所有處理器核心的結(jié)果。包括在英特爾?Xeon?和英特爾?XeonφΦPhi?處理器上運(yùn)行我們改進(jìn)的代碼的結(jié)果。演講者描述了對(duì)代碼進(jìn)行的一系列改進(jìn)，包括集成IntelThreading Building Blocks庫(kù)，使用更適合NUMA系統(tǒng)的互斥實(shí)現(xiàn)，以及完全了解NUMA的新穎的“隊(duì)列鎖”互斥實(shí)現(xiàn)。所有這些都導(dǎo)致了在測(cè)試系統(tǒng)上的線程縮放的改進(jìn)。還描述了一系列結(jié)果，說明如何優(yōu)化代碼中的關(guān)鍵關(guān)鍵部分導(dǎo)致進(jìn)一步的改進(jìn)。這些結(jié)果得益于英特爾工具（如IntelInspector和IntelVTune}Ampli.）的戰(zhàn)略使用，為其他基因組學(xué)軟件工具提供了指南，供尋求類似地調(diào)整其軟件以更好地利用現(xiàn)代多核系統(tǒng)的作者參考。