如何使用SBC ToolBox云平臺進行時間序列分析？

使用SBC ToolBox云平臺時間序列分析模塊探索基因集在不同時間點的表達(dá)趨勢，使用c-means算法對基因集進行聚類分群，尋找出表達(dá)趨勢一致的基因集。SBC ToolBox云平臺超快響應(yīng)，分分鐘獲取分析結(jié)果。

如何使用SBC ToolBox云平臺進行時間序列分析？

進入時間序列模

a)登錄SBC ToolBox官方網(wǎng)址

進入VIP專區(qū)，點擊時間序列分析模塊即可進入App。

b) 也可以直接登錄站點

c) 此模塊僅提供給VIP用戶，已有賬戶直接登錄，沒有賬戶這里可以點擊注冊申請，申請審核通過后會郵件和短信通知VIP注冊用戶。

實戰(zhàn)

a)數(shù)據(jù)準(zhǔn)備（數(shù)據(jù)分析思維->充分認(rèn)識數(shù)據(jù)）：

i.定量數(shù)據(jù)：無論你的數(shù)據(jù)是RNA定量數(shù)據(jù)、蛋白定量數(shù)據(jù)、代謝定量數(shù)據(jù)、還是其他類型的多特征集多樣本量數(shù)據(jù)，時間序列分析模塊都能完美駕馭。時間序列模塊所需的定量數(shù)據(jù)一般長這個樣子；第一列為基因集（特征集），剩余列為樣本（觀測值）對應(yīng)基因集的定量數(shù)據(jù)。

ii. 分組數(shù)據(jù)：無論你的時間點組內(nèi)數(shù)據(jù)有重復(fù)樣本，還是沒有這里都需要提供，主要用于重復(fù)數(shù)據(jù)在組內(nèi)的集中趨勢評估，分組數(shù)據(jù)示例如下圖。

1.第一列為樣本信息，樣本信息與定量的樣本信息必須一致。

2.第二列為樣本對應(yīng)的分組信息，這里的分組一般是時間點，時間點的順序決定了展示在時間序列趨勢上的排列順序。

3.示例數(shù)據(jù)詳見應(yīng)用操作指南：

b) 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備完成，提交分析：

i. 將定量數(shù)據(jù)和對應(yīng)分組上傳或者拖拽至App數(shù)據(jù)上傳接口（下圖紅框），上傳完成顯示Upload complete，提交分析，看到主頁面上的小花花開始轉(zhuǎn)動表示已啟動分析。

ii.眨眼的功夫，時間序列分析結(jié)果就展示在你的面前，沒辦法，SBC ToolBox響應(yīng)就是這么迅速。

iii.分析結(jié)果，默認(rèn)情況下基因集（特征集）在不同時間點上的表達(dá)趨勢將會被分成16個Cluster，此處對Cluster數(shù)量不滿意可以隨時進行調(diào)整。橫坐標(biāo)表示時間點順序，縱坐標(biāo)表示基因集在時間點上的表達(dá)強度（這里做過中心化（scale）處理）。

iv.放大Cluster1觀察細(xì)節(jié)，Cluster1基因集整體表達(dá)隨時間變化呈現(xiàn)先上升后輕微下降的趨勢。圖中橫坐標(biāo)展示每個時間點，一條線代表一個基因的在時間點表達(dá)趨勢，黑色的先表示整體的集中表達(dá)趨勢。

c) 參數(shù)調(diào)整：

i. 注意事項。

時間序列模塊默認(rèn)會對定量數(shù)據(jù)進行l(wèi)og2（x+1）變換，你的數(shù)據(jù)做過標(biāo)準(zhǔn)化預(yù)處理，這里可以下拉菜單選擇“否”取消log2（x+1）變換處理。

ii. Cluster數(shù)量太多或者太少，這里可以調(diào)整Cluster數(shù)量進行設(shè)定重新分析。

這里重新設(shè)定總共Cluster為9，重新提交分析，將原來的16個Cluster調(diào)整為9個Cluster，結(jié)果如上圖所示。

iii. 結(jié)果展示行列排列不滿意，這里同樣可以調(diào)整。

d) 沒有重復(fù)數(shù)據(jù)同樣也可以進行時間序列分析，示例如下：

i.定量數(shù)據(jù)（六個樣本）示例：

ii.分組數(shù)據(jù)（將六個樣本設(shè)置為6組，六個時間點）示例：

iii.上傳數(shù)據(jù)提交分析，秒出結(jié)果：

不同基因集在六個時間點上的表達(dá)趨勢。

結(jié)果保存

a)保存圖片，默認(rèn)保存pdf格式：

b)保存基因集數(shù)據(jù)，第一列為基因，第二列為基因集對應(yīng)Cluster，剩余列為基因中心化后的數(shù)據(jù)，此文件可用于ggplot展示。

教你使用SBC ToolBox

一鍵完成趨勢線圖展示美化

a)登錄平行坐標(biāo)圖模塊

b)準(zhǔn)備數(shù)據(jù)

i. 將時間序列數(shù)據(jù)分成兩個文件：

1.基因?qū)?yīng)時間點表達(dá)強度文件，這里只需要刪除時間序列結(jié)果中的cluster列即可。

2.基因集對應(yīng)Cluster文件，這里只需要保存時間序列結(jié)果中基因和基因?qū)?yīng)Cluster列即可。

c)上傳時間序列分析數(shù)據(jù)并提交分析，你就可以得到基于ggplot包的可視化結(jié)果，基于sci的顏色搭配，讓你的數(shù)據(jù)展示更上一層樓。數(shù)據(jù)結(jié)果嗖的一下就能完成，立等可取。

d) 這里可以調(diào)整時下熱門暗黑主題。

手里有數(shù)據(jù)不要慌，使用SBC ToolBox開啟你的數(shù)據(jù)分析之旅，讓數(shù)據(jù)分析so easy。

審核編輯：劉清