LasergeneProtein工作流程

全面的蛋白質(zhì)序列和結(jié)構(gòu)分析軟件，可與Nova蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測和建模工具集成。

找到一個(gè)集成了成功蛋白質(zhì)分析所需所有組件的軟件包可能是一項(xiàng)挑戰(zhàn)。了解蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)對(duì)于理解蛋白質(zhì)的功能至關(guān)重要，但許多蛋白質(zhì)分析工具忽略了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析與蛋白質(zhì)序列的生物物理特性之間的重要聯(lián)系。

LasergeneProtein 超越其他蛋白質(zhì)分析工具，提供靈活、豐富的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)3D圖形表示，與序列和結(jié)構(gòu)分析完全集成，蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)工具可讓您輕松預(yù)測蛋白質(zhì)穩(wěn)定性，并通過集成預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)具有無與倫比的準(zhǔn)確性使用我們的 Nova應(yīng)用程序。

抗體建模*

使用NovaFoldAntibody 在幾分鐘內(nèi)根據(jù)序列數(shù)據(jù)預(yù)測高度準(zhǔn)確的抗體模型。

抗體建模是抗體設(shè)計(jì)和優(yōu)化的重要工具，準(zhǔn)確性至關(guān)重要。許多抗體建模工具僅依賴于同源建模，但 NovaFoldAntibody的獨(dú)特算法通過結(jié)合框架區(qū)的同源建模和基于片段或高變環(huán)區(qū)域的從頭建模來生成抗體和抗體片段的模型，從而實(shí)現(xiàn)高度準(zhǔn)確的抗體結(jié)構(gòu)預(yù)測。只需提供輕鏈、重鏈或兩者的序列，NovaFoldAntibody 將返回一份帶注釋的報(bào)告，其中包括預(yù)測的抗體模型、最高可能性的重鏈和輕鏈模板以及CDR環(huán)位置的注釋。通過 Protean3D（LasergeneProtein 的一部分）中的注釋輕松查看抗體建模結(jié)果，它允許您完全自定義渲染以幫助可視化，或準(zhǔn)備要導(dǎo)出的出版質(zhì)量圖像。使用 NovaFoldAntibody 進(jìn)行的抗體建模也可以與NovaDock結(jié)合使用，以預(yù)測抗體-抗原復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和結(jié)合。

表位預(yù)測

使用Protean3D 僅使用基于序列的信息即可準(zhǔn)確執(zhí)行B細(xì)胞表位預(yù)測。

B細(xì)胞表位（抗體識(shí)別的抗原的一部分）本質(zhì)上是構(gòu)象的；然而，對(duì)于沒有已知 3D結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)來說，準(zhǔn)確的表位預(yù)測是困難的。Protean3D 是LasergeneProtein 的一部分，它采用機(jī)器學(xué)習(xí)方法，提高了僅使用基于序列的信息執(zhí)行B細(xì)胞表位預(yù)測的能力，與其他領(lǐng)先的表位預(yù)測方法相比，提供了更好的整體預(yù)測準(zhǔn)確性。Protean3D 使您能夠查看序列和結(jié)構(gòu)上的預(yù)測表位和抗原區(qū)域，并將預(yù)測與其他特征（例如表面概率）進(jìn)行比較。輕松在結(jié)構(gòu)周圍創(chuàng)建分子和溶劑可及的表面，查看相對(duì)于蛋白質(zhì)表面的預(yù)測表位，查看預(yù)測抗原區(qū)域的置信度分?jǐn)?shù)，并更改序列和結(jié)構(gòu)上預(yù)測表位的外觀，以優(yōu)化可視化和出版質(zhì)量的圖像。

蛋白質(zhì)對(duì)接*

NovaDock探索對(duì)接時(shí)蛋白質(zhì)的靈活性，從而實(shí)現(xiàn)更準(zhǔn)確的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測。

對(duì)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接相互作用進(jìn)行建模通常比預(yù)測單個(gè)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)更困難，并且由于其復(fù)雜性，準(zhǔn)確性可能是一個(gè)問題。NovaDock能夠利用SwarmDock（CAPRI盲對(duì)接實(shí)驗(yàn)中驗(yàn)證的頂級(jí)算法之一）預(yù)測任意兩個(gè)結(jié)合伙伴的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接相互作用。NovaDock利用SwarmDock算法探索對(duì)接時(shí)蛋白質(zhì)的靈活性，從而實(shí)現(xiàn)更準(zhǔn)確的預(yù)測。只需提供您的配體和受體 PDB或結(jié)構(gòu)文件，并在需要時(shí)提出結(jié)合配偶體之間的特定殘基接觸。然后，NovaDock將預(yù)測多蛋白復(fù)合物的三維結(jié)構(gòu)，并為每個(gè)模型提供能量評(píng)分、簇大小和配體接觸數(shù)量以供分析。

蛋白質(zhì)序列分析

在一款易于使用的應(yīng)用程序中使用Protean3D 進(jìn)行全面的蛋白質(zhì)序列分析！

蛋白質(zhì)序列分析對(duì)于研究和預(yù)測蛋白質(zhì)功能和結(jié)構(gòu)至關(guān)重要，但蛋白質(zhì)序列分析工具通常缺乏解釋所需的可視化組件，或者需要額外的工具進(jìn)行下游分析。Protean3D 中提供的蛋白質(zhì)序列分析工具提供了所應(yīng)用方法的優(yōu)雅圖形表示，使分析生物物理特性、預(yù)測B細(xì)胞表位等二級(jí)結(jié)構(gòu)、計(jì)算表面概率、執(zhí)行氨基酸組成分析等變得簡單。更重要的是，Protean3D是一個(gè)完整的蛋白質(zhì)序列分析軟件包，這意味著在分析和注釋蛋白質(zhì)序列后，您可以立即進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析，以及預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、進(jìn)行抗體建?；蛟u(píng)估蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接互動(dòng)。使用 Protean3D 在一款易于使用的應(yīng)用程序中提供全面蛋白質(zhì)序列分析所需的一切！

蛋白質(zhì)穩(wěn)定性預(yù)測

使用LasergeneProtein 的蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)軟件在幾分鐘內(nèi)即可執(zhí)行基本的蛋白質(zhì)穩(wěn)定性預(yù)測。

蛋白質(zhì)穩(wěn)定性預(yù)測對(duì)于優(yōu)化蛋白質(zhì)功能研究至關(guān)重要，但許多提高溶解度和表達(dá)的標(biāo)準(zhǔn)方法通常由于降解或熱力學(xué)不穩(wěn)定而無效。我們的蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)軟件是 LasergeneProtein 的一部分，包括蛋白質(zhì)突變穩(wěn)定性預(yù)測工具，該工具使用確定性蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)算法來查找全局最小能量構(gòu)象(GMEC)。這使您可以在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的殘基水平上進(jìn)行改變，并預(yù)測與原始結(jié)構(gòu)相比這些改變是否可能穩(wěn)定或不穩(wěn)定，這是PCR定點(diǎn)誘變的有益過程。我們的蛋白質(zhì)穩(wěn)定性預(yù)測工具還可以通過執(zhí)行計(jì)算丙氨酸掃描或絲氨酸掃描來檢測熱點(diǎn)、其變體破壞結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性的殘基，從而輕松搜索對(duì)蛋白質(zhì)穩(wěn)定性重要的氨基酸位置。使用 LasergeneProtein 的先進(jìn)蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)軟件可在幾分鐘內(nèi)進(jìn)行準(zhǔn)確的蛋白質(zhì)穩(wěn)定性預(yù)測！

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)

使用Protean3D 輕松執(zhí)行整個(gè)大分子結(jié)構(gòu)或選定區(qū)域的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)。

同源蛋白質(zhì)通常具有相似的結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)軟件可以成為通過比較結(jié)構(gòu)之間的形狀和3D構(gòu)象來識(shí)別這些相似性的有價(jià)值的工具。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)也是將 NovaFold預(yù)測模型與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的模板結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較的寶貴工具。Protean3D 是LasergeneProtein 的一部分，可以輕松識(shí)別兩個(gè)或多個(gè)結(jié)構(gòu)之間的相似區(qū)域，而與序列相似性無關(guān)。只需添加結(jié)構(gòu)文件或打開 NovaFold結(jié)果，然后從TM-Align或jFATCAT剛體對(duì)齊算法中進(jìn)行選擇。在進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)后，評(píng)估比對(duì)結(jié)構(gòu)的 RMSD值，以確定它們之間的差異。然后，在 Protean3D 中自定義可視化的渲染，以準(zhǔn)備要發(fā)布的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對(duì)圖像。

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析

在一款用戶友好的應(yīng)用程序中使用Protean3D 進(jìn)行完整的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析！

了解蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)對(duì)于理解蛋白質(zhì)的功能至關(guān)重要，但當(dāng)今可用的許多蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析工具缺乏有效分析所需的高質(zhì)量可視化組件，并且錯(cuò)過了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析與蛋白質(zhì)序列的生物物理特性之間的關(guān)鍵聯(lián)系。Protean3D 是LasergeneProtein的一部分，它通過創(chuàng)建美觀、靈活、豐富的蛋白質(zhì)圖形表示并在單個(gè)應(yīng)用程序中提供與蛋白質(zhì)序列分析和結(jié)構(gòu)預(yù)測工具的完全集成來消除這些挑戰(zhàn)。我們的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析工具可以輕松分析您感興趣的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或引入突變并查看對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響。三維蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)可視化的無限可能性提供了一種生成出版質(zhì)量圖像的簡單方法。使用 Protean3D 在一款用戶友好的應(yīng)用程序中提供全面蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析所需的一切！

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測*

創(chuàng)建高度準(zhǔn)確的蛋白質(zhì)模型，這是通過標(biāo)準(zhǔn)建模方法無法實(shí)現(xiàn)的。

根據(jù)獨(dú)特的氨基酸序列預(yù)測蛋白質(zhì)3D結(jié)構(gòu)非常重要，因?yàn)閾碛械鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)模型可以更好地理解蛋白質(zhì)的工作原理，這可以讓我們創(chuàng)建關(guān)于如何影響它、控制它或修改它的假設(shè)。許多蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測工具僅依賴于同源建模，這僅適用于與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)序列具有高度序列相似性的蛋白質(zhì)。

相比之下，NovaFold和NovaFoldAI 使用兩種不同的獲獎(jiǎng)算法來創(chuàng)建高精度、完整的蛋白質(zhì)3D原子模型，這是通過標(biāo)準(zhǔn)建模方法無法實(shí)現(xiàn)的。

• NovaFold利用屢獲殊榮的I-TASSER蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測算法，該算法結(jié)合了線程和從頭開始折疊技術(shù)。NovaFold比單獨(dú)的序列相似性發(fā)現(xiàn)更遠(yuǎn)的關(guān)系，從而提高了預(yù)測結(jié)構(gòu)的質(zhì)量和準(zhǔn)確性。

• NovaFoldAI 使用DeepMind（最近CASP14挑戰(zhàn)賽的獲勝者）的AlphaFold2 算法來預(yù)測距離并使用深度多序列比對(duì)作為輸入來創(chuàng)建二面體圖。該算法不直接使用模板來放置原子坐標(biāo)，但可以使用模板作為地圖構(gòu)建過程的一部分。

Protean3D

蛋白質(zhì)序列和結(jié)構(gòu)分析

Protean3D 提供靈活、豐富的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)3D圖形表示，結(jié)合了序列和結(jié)構(gòu)分析以及蛋白質(zhì)穩(wěn)定性預(yù)測工具。

NovaFold*

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測

NovaFold是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件，可與LasergeneProtein 配合使用，為具有先前未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)構(gòu)建準(zhǔn)確、完整的3D原子模型。

NovaFoldAntibody*

抗體建模

NovaFoldAntibody 軟件利用同源建模和從頭開始循環(huán)預(yù)測的組合生成高度準(zhǔn)確的抗體和抗體片段模型。

NovaDock*

蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接

NovaDock是一款高分辨率蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接應(yīng)用程序，可預(yù)測任意兩種蛋白質(zhì)之間的原子相互作用。