GeoMx DSP應(yīng)用領(lǐng)域

相信讀了上文（衰老與腫瘤研究利器：全新升級(jí)的GeoMx Digital Spatial Profiler數(shù)字空間組學(xué)檢測平臺(tái)）之后您已經(jīng)對GeoMx Digital Spatial Profiler數(shù)字空間分析儀有了一定的了解，讓我們接下來繼續(xù)了解一下DSP的應(yīng)用吧~

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GeoMx DSP應(yīng)用領(lǐng)域

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產(chǎn)品分類-RNA檢測

GeoMx Human Whole Transcriptome Atlas

GeoMx Human Whole Transcriptome Atlas（Hu WTA）空間全轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實(shí)現(xiàn)了人類組織原位全轉(zhuǎn)錄組表達(dá)分析。其通過獨(dú)特的探針結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)，大大提高了對每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的檢測靈敏度和可信度。Hu WTA基于Human Gene Nomenclature Committee（HUGO）數(shù)據(jù)庫，同時(shí)參照National Center for Biotechnology’s Information（NCBI）RefSeq數(shù)據(jù)庫中的mRNA序列，可檢測超過18000種人類蛋白編碼基因。DSP RNA探針在保證靶標(biāo)分子高特異性的基礎(chǔ)上，還針對多種因素進(jìn)行了篩選優(yōu)化，保證每個(gè)探針都對應(yīng)一個(gè)獨(dú)特的DSP條形碼。可用于下游在illumina測序儀上進(jìn)行分子計(jì)數(shù)。Hu WTA采用靶向捕獲的技術(shù)原理，避免了基于poly（A）的技術(shù)局限性，從而實(shí)現(xiàn)了對于嚴(yán)重降解的組織（如FFPE）也有高靈敏度的穩(wěn)定表現(xiàn)。它能夠?qū)τ诿總€(gè)目標(biāo)區(qū)域（ROI）內(nèi)的全轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測量，幫助研究者高分辨率地探索組織微環(huán)境和細(xì)胞群之間的差異，以及背后詳細(xì)的生物通路。

產(chǎn)品亮點(diǎn)：

涵蓋人類全部蛋白編碼基因mRNA序列的特異性探針；

出色的檢測靈敏度：能夠在小于50um的區(qū)域內(nèi)檢測出數(shù)千個(gè)基因；

對于包括FFPE在內(nèi)的各種樣本類型均具有可靠性能，分析結(jié)果與RNA-seq和RNAScope技術(shù)驗(yàn)證數(shù)據(jù)高度一致；

聯(lián)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（scRNA-Seq）數(shù)據(jù)，可在組織原位研究不同細(xì)胞亞群；

流暢整合了illumina測序文庫制備流程和簡化的NGS數(shù)據(jù)分析方案；

出眾的靈活性，用戶可定制添加至多60個(gè)額外靶點(diǎn)，如非編碼RNA、合成DNA序列或者外源基因（如細(xì)菌、病毒）等；

利用GeoMx Data Suite和生物信息學(xué)工具進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組統(tǒng)計(jì)分析。

GeoMx Mouse Whole Transcriptome Atlas

小鼠模型在了解發(fā)育生物學(xué)、疾病發(fā)作、進(jìn)展和治療方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用。然而在小鼠轉(zhuǎn)錄組研究中，組織異質(zhì)性會(huì)增加細(xì)胞群或單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)結(jié)果的復(fù)雜性。使用GeoMx小鼠全轉(zhuǎn)錄組分析（MuWTA），研究人員可以應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)來揭示小鼠模型中的組織結(jié)構(gòu)和基礎(chǔ)功能。

產(chǎn)品亮點(diǎn)：

全轉(zhuǎn)錄組覆蓋度，覆蓋所有小鼠品系；

出色的靈敏度，每份樣本可檢測的基因數(shù)更多，可定量低、中和高表達(dá)基因；

穩(wěn)定可靠、可重復(fù)的結(jié)果，適用于多種樣本類型。包括FFPE、新鮮冷凍、固定冷凍和TMA樣本；

高效實(shí)現(xiàn)多樣本數(shù)據(jù)的比較，識(shí)別與生物學(xué)密切相關(guān)的特定區(qū)域或細(xì)胞群的表達(dá)變化；

標(biāo)準(zhǔn)化工作流程，運(yùn)用成熟技術(shù)，無需額外驗(yàn)證與優(yōu)化；

GeoMx Cancer Transcriptome Atlas

Cancer Transcriptome Atlas（CTA）支持以空間分辨率同時(shí)分析超過1,800個(gè)RNA靶標(biāo)，包含細(xì)胞分析普遍應(yīng)用的靶標(biāo)，以及GeoMxDSP實(shí)驗(yàn)的必要對照。CTA覆蓋112條對免疫應(yīng)答、腫瘤生物學(xué)和微環(huán)境至關(guān)重要的通路。GeoMxCancer Transcriptome Atlas（CTA）支持全面地分析腫瘤、腫瘤微環(huán)境和腫瘤免疫狀態(tài)。

產(chǎn)品亮點(diǎn)：

全面的RNA檢測靶點(diǎn)，用于癌癥生物學(xué)研究；

廣泛覆蓋免疫應(yīng)答、腫瘤微環(huán)境和腫瘤生物學(xué)研究；

包含來自臨床相關(guān)基因集，例如腫瘤炎性BC360IIO360 指數(shù)和PAM50；

超過100條通路，全方位探索癌癥；

兼容RNAscope和抗體形態(tài)學(xué)標(biāo)志物；

支持增添多達(dá)60個(gè)額外的目標(biāo)靶標(biāo)；

流暢整合illumina高通量測序技術(shù)；

利用GeoMx Data Center進(jìn)行交互式分析。

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產(chǎn)品分類-蛋白檢測

GeoMx Human Protein Assays

GeoMx Human Protein Assays 結(jié)合NGS 技術(shù)流程能夠以空間分辨率同時(shí)分析數(shù)百種蛋白質(zhì)靶標(biāo)的表達(dá)。包含4種蛋白的GeoMx Protein Core for NGS包含GeoMx DSP實(shí)驗(yàn)所需的對照品。GeoMx Human Protein Assays具有模塊化設(shè)計(jì)，提供經(jīng)驗(yàn)證的檢測靶標(biāo)，用于免疫學(xué)、腫瘤免疫學(xué)和神經(jīng)科學(xué)研究。

產(chǎn)品亮點(diǎn)：

經(jīng)驗(yàn)證的多靶標(biāo)檢測，專為免疫學(xué)、腫瘤免疫學(xué)和神經(jīng)科學(xué)等研究設(shè)計(jì)；

在10種檢測模塊中選擇并添加到GeoMx Human Protein Core，可實(shí)現(xiàn)對數(shù)百種蛋白質(zhì) 靶標(biāo)的空間表達(dá)定量；

可另外定制多達(dá)10個(gè)目標(biāo)抗體；

流暢整合illumina高通量檢測技術(shù)；

利用 GeoMx Data Center進(jìn)行交互式分析。
責(zé)任編輯：彭菁