首例境外變種新冠毒株的測序平臺

近日，中國疾控中心周刊（China CDC Weekly）在最新一期刊登的文章中稱，2020年12月14日，我國海關(guān)實驗室監(jiān)測到一名坐飛機從境外返回的23歲女性新冠感染者，通過檢測發(fā)現(xiàn)，該病例感染了新變種的新冠毒株。

值得一提的是，此次助力發(fā)現(xiàn)我國首例境外變種新冠毒株的測序平臺是華大智造自主研發(fā)的一款小巧靈活、性能強勁的高通量測序儀——MGISEQ-200。

中國疾控中心周刊

根據(jù)近日多方披露的研究數(shù)據(jù)，從境外開始流行的這種新病毒株的傳播能力預(yù)計比普通病毒株至少要高出50％。盡管目前尚無證據(jù)表明這種新的病毒株更加致命或者會引起更嚴(yán)重的疾病，但其仍被認(rèn)為是對中國預(yù)控新冠疫情構(gòu)成巨大的潛在威脅。

據(jù)了解，中國疾控對所有病毒株都有系統(tǒng)監(jiān)測，在檢測到第一株VOC毒株后就已上報，并在中國疾控官方雜志China CDC Weekly（中國疾控周報）中向全球發(fā)布。據(jù)披露，疾控中心對該患者的核酸樣本以多重PCR方案建庫，并使用華大智造高通量測序平臺MGISEQ-200對病毒核酸文庫進行深度測序。

通過對MGISEQ-200的測序數(shù)據(jù)進行生信分析，研究人員發(fā)現(xiàn)，該毒株與11月份監(jiān)測到的毒株不同，顯示32個核苷酸變異位點，通過進一步對比發(fā)現(xiàn)，該患者感染的毒株基因序列中包含了10月下旬開始在境外流行的VUI202012/01新病毒株中所有的28個變異點位，其中包括刺突蛋白中的3個氨基酸缺失和7個氨基酸突變。

基于MGISEQ-200的測序數(shù)據(jù)和流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果，國家疾控將此境外輸入性病例定義為中國監(jiān)測到的首例英國變種VUI202012/01病毒株，并加強了對患者密切接觸的調(diào)查和對相關(guān)場所的消殺。

基于MGISEQ-200測序數(shù)據(jù)組裝的COVID-19全基因組序列系統(tǒng)進化樹。境外變異毒株種系VUI-202012/01變體以深綠色突出顯示，上海首次檢測到的VUI-202012/01變體以紅點表示。

新冠病毒的不斷變異是當(dāng)前全球面對的一大挑戰(zhàn)，華大智造自主研發(fā)的高通量測序儀以其高深度、高精度的特性，可以對病原全基因組序列進行深度測序，找到病毒突變位點，辨明病毒身份，從而找到病毒來源。

華大智造MGISEQ-200是一款小巧靈活且性能強勁的高通量測序儀，它可以完美適配病原檢測、組裝以及溯源等應(yīng)用，滿足對疾病精準(zhǔn)防控的需求。此外，該測序平臺現(xiàn)已推出全新配置，支持更多極端文庫測序，大幅提升測序速度。

目前，MGISEQ-200已入駐全球多個國家海關(guān)實驗室、疾病預(yù)防控制中心，為疫情一線提供了關(guān)鍵性支持。

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