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SBC ceRNA芯片簡介

上海生物芯片 ? 來源:上海生物芯片 ? 作者:上海生物芯片 ? 2020-11-18 09:17 ? 次閱讀
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SBC ceRNA芯片

環(huán)狀RNA(circRNA)在真核生物中廣泛存在的發(fā)現(xiàn)使轉(zhuǎn)錄家族又增加了重要一員,lncRNA研究也正如火如荼,復雜的轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究如何走捷徑?SBC ceRNA芯片是一個全轉(zhuǎn)錄組+產(chǎn)品,不僅同時檢測circRNA、lncRNA等非編碼RNA和編碼蛋白的mRNA,并同時獲得circRNA、lncRNA功能預測結(jié)果,為進一步功能研究提供參考。circRNA、lncRNA作為競爭性內(nèi)源RNA(ceRNA),競爭性結(jié)合miRNA,從而調(diào)控miRNA靶基因的表達,這樣的作用方式廣泛存在,ceRNA芯片也同樣是ceRNA研究的不二之選。

基因芯片作為一個成熟的技術(shù)平臺,二十幾年來被廣泛用于基因表達譜的檢測。對于lncRNA、circRNA基因表達譜檢測,基因芯片比RNA測序有許多重要且不可替代的優(yōu)勢:

芯片利用寡核苷酸探針與目的基因堿基互補雜交、掃描獲得的熒光信號來檢測表達豐度。與RNA測序相比,芯片檢測的準確性受低豐度轉(zhuǎn)錄本的影響更小,更適合檢測整體表達豐度低的lncRNA、circRNA。由于提高測序深度會增加加工不完全RNA的檢出機率,提高測序深度可能引起可靠性的下降。

lncRNA不具有蛋白的翻譯起止位置,RNA測序?qū)ncRNA轉(zhuǎn)錄本鑒定的可靠性要低于mRNA。而芯片探針較短可以進行特異性設(shè)計,檢測更特異。

circRNA具有特殊的環(huán)狀結(jié)構(gòu),但其線性序列和線性基因難以區(qū)分,需要單獨的去線性建庫才能利用RNA測序來檢測circRNA,不能同時檢測多種RNA。

芯片設(shè)計策略:

Human ceRNA芯片設(shè)計流程圖

探針設(shè)計策略:

芯片特點:

·circRNA探針設(shè)計在反向剪接位點,特異性強

·技術(shù)成熟、靈敏度高:芯片比測序更適合檢測表達量低的lncRNA、circRNA

·實驗周期短,數(shù)據(jù)分析方法成熟、快速

·收錄lncRNA、circRNA全面、可靠,并及時更新

·功能機制預測,為深入研究circRNA、lncRNA生物學功能提供參考,包括:

高保守lncRNA;lncRNA結(jié)合蛋白預測;lncRNA生物學功能預測;lncRNA亞細胞定位;疾病相關(guān)lncRNA預測;super enhancer lncRNA;enhancer lncRNA;疾病相關(guān)circRNA預測。

主要參數(shù):

責任編輯:xj

原文標題:SBC ceRNA芯片

文章出處:【微信公眾號:上海生物芯片】歡迎添加關(guān)注!文章轉(zhuǎn)載請注明出處。

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