一種新工具，可對環(huán)狀DNA進(jìn)行測序

據(jù)麥姆斯咨詢介紹，加拿大阿爾伯塔大學(xué)（University of Alberta）生物學(xué)家發(fā)明了一種新工具，可對環(huán)狀DNA進(jìn)行測序，這將為科學(xué)家提供更豐富、更準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)，有望促進(jìn)針對病毒、農(nóng)業(yè)甚至癌癥的研究。

這一工具名為“CIDER-Seq”，它使用了被稱為“PacBio”的DNA測序技術(shù)，研究人員目前已將其發(fā)表在網(wǎng)絡(luò)上，供其他科學(xué)家分析DNA序列。

研究主要作者、博士后研究員Devang Mehta說：“借助CIDER-Seq，我們可以了解神秘的環(huán)狀DNA在人和植物細(xì)胞中的功能。”

研究人員解釋稱，環(huán)狀DNA在細(xì)菌和病毒的基因組中很常見，最近，科學(xué)家又在人和植物細(xì)胞的核內(nèi)發(fā)現(xiàn)了環(huán)狀DNA，并將其稱為染色體外環(huán)狀DNA（eccDNA）。這種鮮為人知的環(huán)狀DNA也常出現(xiàn)在癌細(xì)胞中，甚至可能與其快速繁殖的能力有關(guān)。

研究人員此前已開始著手調(diào)查eccDNA在癌癥中的作用，但由于缺乏有效的研究和測序方法，此類研究進(jìn)展緩慢。

Mehta表示：“鑒于此，我們設(shè)計了一種新的分子生物學(xué)方法和新的生物信息學(xué)算法，以最終獲得eccDNA的完整序列。我們的方法能對這些分子進(jìn)行完整測序，并為我們和其他研究人員提供一種新工具，可以更好地了解它們在細(xì)胞中的實(shí)際作用。”

Mehta指出，新工具可能對農(nóng)業(yè)科學(xué)家特別有用，因?yàn)樵S多農(nóng)作物感染的病毒都擁有環(huán)狀DNA。他舉例說：“在肯尼亞的一次田間試驗(yàn)中，我們使用CIDER-Seq的早期版本，幫助研究了經(jīng)過基因工程改造的農(nóng)作物在對抗環(huán)狀DNA病毒方面的有效性。”