一種多核CPU和GPU求解最短公共超串

　　依據(jù)各級(jí)緩存容量，將CPU主存中種群個(gè)體和螞蟻個(gè)體數(shù)據(jù)劃分存儲(chǔ)到一級(jí)、二級(jí)和三級(jí)緩存中，以減少并行計(jì)算過程中數(shù)據(jù)在各級(jí)存儲(chǔ)之間的傳輸開銷，在CPU與GPU之間采取異步傳送和不完全傳送數(shù)據(jù)、CPU多個(gè)內(nèi)核函數(shù)異步執(zhí)行多個(gè)流的方法，設(shè)置GPU block線程數(shù)量為16的倍數(shù)、CPU共享存儲(chǔ)器劃分大小為32倍的bank，使用GPU常量存儲(chǔ)器存儲(chǔ)交叉概率、變異概率等需頻繁訪問的只讀參數(shù)，將輸入串矩陣和重疊部分長(zhǎng)度矩陣只讀數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)綁定到GPU紋理存儲(chǔ)器，設(shè)計(jì)實(shí)現(xiàn)了一種多核CPU和CPU協(xié)同求解最短公共超串問題的計(jì)算、存儲(chǔ)和通信高效的并行算法。求解多種規(guī)模的最短公共超串問題的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，多核CPU與GPU協(xié)同并行算法比串行算法快70倍以上。